Il Programma di Alti studi sull’Età e la Cultura del Barocco, sotto la direzione scientifica della professoressa Michela di Macco, vede il coinvolgimento di una comunità di studiosi composta da accademici, professionisti nel campo delle discipline umanistiche e giovani ricercatori coinvolti a vario titolo nelle attività di studio e nei progetti di ricerca.

Le Fondazione 1563 ha affidato ad un Comitato scientifico editoriale la cura delle collane editoriali pubblicate dalla Fondazione stessa e in collaborazione con le case editrici Leo S. Olschki di Firenze e Sagep di Genova. Dal 2012 al 2014, inoltre, si è dotata di un Comitato di Advisor scientifici multidisciplinare che ha discusso in varie sedute collegiali i contenuti e le attività e contribuito a definire alcune delle linee guida e ha impostato e affiancato la prima edizione delle Borse di Alti Studi (2013).