Per l’attuazione del Programma Barocco, la Fondazione 1563 si è dotata dal 2012 al 2014 di un Comitato di Advisor scientifici multidisciplinare che ha discusso in varie sedute collegiali i contenuti e le attività e contribuito a definire alcune delle linee guida e ha impostato e affiancato la prima edizione delle Borse di Alti Studi (2013).